全衛連会員機関は、設備・機器、人的体制、健診技術、データ管理、健診後のフォローアップの状況、各種規程の整備状況等の健診施設の機能を総合的に評価・認定する「
労働衛生サービス機能評価事業」へも参加しています。
この認定を受けた健診施設では、過去の健診データも参考に健診結果を総合判定します。
また、胸部エックス線写真の読影は見落としを許さないため複数の医師によるダブルチェックを実施する体制があることも認定の要件です。
さらに、この認定を受けた健診施設はプライバシー保護等データの管理も厳密に行われており、信頼できる健診施設といえます。